Сделал внешнюю обработку, подключил.

Затем скопировал файл это обработки. Переименовал, изменил, сделал другую обработку с похожим функционалом. Тоже подключил.

Теперь в режиме предприятия их нельзя открыть сразу обе - активизируется форма первой из запущенных. Я так понимаю, что идентификатор самой формы у обоих обработок одинаковый. Как это исправить не создавая новую форму?

Нужно имя обработки поменять - не имя файла, а имя обработки.

Если и это не поможет, то скопировать осноную форму, сделать эту копию формы основной, изначальную форму удалить

(0)

1) Обработка копируется через Конфигуратор файл -- Сохранить копию
При этом меняется УИД обработки

2) Затем в скопированной обработке, копируем каждую форму (при копировании новой форме присваивается новый УИД). Старые формы удаляем.
Новые переименовываем (если нужно)

Этому вопросу 100 лет в обед

https://infostart.ru/1c/articles/178841/