Требуется  исключить из свободного остатка товары отражённые излишками в документах пересчёта.
Те не переводить на другой склад, не делать оприходывание.Вроде как склад хочет поместить их в отстойник для разбора,
а пока исключить из свободного остатка.В УТ я так понял нет механизмов под такое,
кто-нибудь сталкивался с таким и как это лучше организовать

У документа "Пересчет товаров" поставить Статус "Выполнено".

Только отдельным складом

Поставь их в резерв под виртуального клиента "Излишки".
Отдай их на комиссию виртуальному клиенту "Излишки".
Если не используется учет по качеству - включить такойучет и излишкам по пересчеты оформить качество "не годен".

(1) Такой вариант наверное оптимальный