У меня есть два справочника, контрагент и договоры
Контрагент является владельцем справочника договоры
Также у меня есть документ в котором нужно запросом вывести значения реквизита договора, при выборе контрагента.

ВЫБРАТЬ
	Контрагент.Ссылка,
	Договоры.Владелец,
	Договоры.Наименование
ИЗ
	Справочник.Контрагент КАК Контрагент
		ВНУТРЕННЕЕ СОЕДИНЕНИЕ Справочник.Договоры КАК Договоры
		ПО (Контрагент.Договор = Договоры.Ссылка)

Как вывести подскажите?

>> у меня есть документ в котором нужно запросом вывести

Вы ошиблись вот здесь

при выборе контрагента, если контрагент заполнен, то попробуйте так

выбрать
Договоры.Ссылка,
Договоры.Наименование
Из Справочник.Договоры КАК Договоры
ГДЕ Владелец = &контрагент

(0) как бы Договор.Владелец - это и есть ссылка на контрагента

Если в реквизитах документа есть Договор, то достаточно сделать запрос к договору. Из условия не ясно, по какому договору надо выводить нужный реквизит

Также у меня есть документ в котором нужно запросом вывести значения реквизита договора, при выборе контрагента
(2)+
Договоры.Ссылка,
Договоры.Наименование,
Договоры.НужныйРеквизит
Из Справочник.Договоры КАК Договоры
ГДЕ Владелец = &контрагент