Вопрос в следующем : В упп 1.3 заведено доп начисление ( процентом от базы... ) - можно ли сделать, чтобы оно не считалось в авансе ( в расчете зарплаты за 1 половину месяца ), а считалось полностью при основном расчете зарплаты ?

без дописок вряд ли