Задача.
Есть Иерархия справочника номенклатура - там все гуд.
Теперь человек который занимается сайтом, говорит хочу товары в другой иерархии на сайт Выгружать. Вот совсем по другому составить иерархию. В целом он прав на 146%.

Совет прошу:
Как правильнее (не обязательно проще, а именно правильнее) организовать это?

Склоняюсь к расширению.
В расширении новый справоник. В нем Иерархия Элементов.
В справочнике Номенклатура - новый реквизит (в расширении)
-------------
Но вот что-то задумался. Неужели в этой супер пупер 11.5 нет какой-то отдельной "Иерархии для сайта".

такой справочник уже есть: ЗначенияСвойствОбъектовИерархия
заводите свойство "иерархия для сайта" с таким типом и вперед.
можно завести несколько таких свойств и иметь несколько иерархий. пример можно посмотреть в демобазе УТ

(1) о! Сенкс. Чуял же всеми местами, что есть и без огорода с расширениями.