Здравствуйте ,настроена типовая синхронизация УТ11 БП 3.0 через универсальный формат, в УТ есть документы передачи между организациями , в которых фигуририует договор между организациями. В БП это попадает либо как приобретения либо как реализация , соответсвенно договор уже между орг и контрагентом. В БП в РГ РегистрСведений.ПубличныеИдентификаторыСинхронизируемыхОбъектов есть гуид и ссылка как раз на договор нужный между орг и контр , но садится на другой договор в БП при обмене( которго нет в регистре этом, куда копать еще ?
там несколько стратегий поиска.
первый - заданное в РС соответствие.
второй - по номерам (инн и другим ключам).
худший - по имени.
скорее всего, у тебя соответствие неправильное.