Возможно ли объединить несколько ИБ разных организаций работающих на одной версии конфигурации в РИБ используя в качестве главной ИБ новую чистую конфигурацию той же версии? Очень хочется )

РИБ не нужен. Просто слейте данные в одну базу

(0) если уиды у НСИ уникальные, то ты получишь херню в справочниках, а в остальном - можно

выгрузить данные в XML, загрузить данные в XML. искать не по уидам, а по наименованиям

"Возможно ли объединить несколько ИБ..." - теоретически всё возможно, а на практике иногда это бывает чрезмерно трудоёмко...

Например: на практике часто встречаются ситуации, когда новые базы данных создаются на основе существующих баз данных (с сохранением полностью или частично, например, НСИ).

После непродолжительного времени автономной эксплуатации баз данных, Вам уже никто не даст 100% гарантию, что такие позиции по прежнему являются копиями друг друга.

(2) Поверьте на слово: лучше при слиянии пяти баз получить пять копий одной и той же позиции справочника, чем одну "объединённую" по GUID, состоящую из различных позиций по своей сути - "объединять" легче, чем "разделять". Имхо.