В ТЧ справочника есть реквизит составного типа. Если выбирается справочник договоры, то мне нужно установить фильтр по организации и контрагенту. В КА2 эти фильтры отсутствуют по умолчанию.

Процедура РеквизитыЗначениеНачалоВыбора(Элемент, ДанныеВыбора, СтандартнаяОбработка)   
	СписокТиповДокументов = ПолучитьСписокТиповДокумента();  
	СписокТиповДокументов.СортироватьПоЗначению();
	ВыбТип = СписокТиповДокументов.ВыбратьЭлемент("Выберите тип!"); 
	Если ВыбТип = Неопределено Тогда  
		Возврат;
	ИначеЕсли ВыбТип.Значение = Тип("СправочникСсылка.ДоговорыКонтрагентов") Тогда
		//ИмяДокумента = ПолучитьИмяДокументаПоТипу(ВыбТип.Значение);
		Отбор = Новый Структура("Организация,Контрагент", ПолучитОрганизацию(), Объект.Контрагент, );
		ПараметрыФормы = Новый Структура("Отбор",Отбор);
		ОткрытьФорму("Справочник.ДоговорыКонтрагентов.ФормаВыбора",ПараметрыФормы,Элемент);
		СтандартнаяОбработка = Ложь; 

	КонецЕсли;

КонецПроцедуры

Если выбирается не договор, то окно выбора типа появляется дважды.

в начале процедуры добавьте сразу:

СтандартнаяОбработка = Ложь;