Можно из схемы компоновки и модуля объекта собрать внешний отчет и разобрать его обратно? И сделать это в режиме предприятия желательно и желательно методами языка.

(0) Ну нихрена себе.. А зачем, если не секрет?

(2) типа пока секрет. пока вижу только возможность запуска конфигуратора, но как раз от этого и нужно отказаться.

вирусы пишет

(4) нет. полезную штуку делаем. какие-то утилиты есть же наверняка? v8unpack или типа таких. только чтобы актуальные

(0) Для расширений - на инфостарте есть такое:
https://infostart.ru/1c/articles/1418255/

(4) Если найдете актуальный рабочий инструмент сбора / разбора внешнего отчета - пожалуйста поделитесь (ну и результатом применения тоже).

p.s. А OScript не подходит? Например такой:
https://github.com/xDrivenDevelopment/precommit1c

В описании сказано для разборки внешних обработок, помимо разборки обработок, данный пакет умеет собирать обработки обратно.

(6) есть подозрение что это все работает через запуск конфигуратора. похоже на этом и придется остановиться

отчет можно преобразовать в XML (выгрузка конфигурации в файлы XML). А вот как собрать в epf не знаю

(8) Вы не поверите: загрузка конфигурации из файлов XML

Вот такое предложили https://onec-dtools.readthedocs.io/ru/latest/

не знаю пока насколько рабочее