что будет плохого, если развернуть чистую базу не из шаблона, а загрузив cf в пустую базу?

Зависит от криворукости поставщика. Могут оказаться незаполнены какие-то классификаторы и параметры.

(0) если это типовая на БСП, то будет ОК, при первом запуске отработает обновление релиза

Да, это понятно что риск есть.
Поставщик Рарус)

(2) да, на БСП. Спасибо, будем надеяться что все будет ок

проверить минут 5...

(5) да я боюсь она развернется и потом в процессе работы что-то вылезет

(0) В манифесте написано из чего собирается пустая база (dt или cf).
Например в КА (обращем внимание на Source и выше наименование, как оно выглядит при создании базы из шаблонов:
..\tmplts\1c\ARAutomation20\2_5_15_103\1cv8.mft

[Config1]
Catalog=1С:Комплексная автоматизация 2/Комплексная автоматизация 2
Destination=1C\ARAutomation20
Source=1cv8.cf
[Config2]
Catalog=1С:Комплексная автоматизация 2/Комплексная автоматизация 2 (демо)
Destination=1C\DemoARAutomation20
Source=1cv8.dt

(0) всегда пустая база создавалась из cf путем загрузки конфигурации.

(9) на счет "всегда" я бы не был так категоричен,
например типовая БП 3.0 создается из DT, а не из CF, начиная еще с релиза 3.0.100.20 от 27.08.21,
а CF в полном дистрибутиве для создания базы у БП 3.0 с тех пор нет

(10) Это потому что конфигурация всё толще и толще, и нет смысла тащить и то и другое в дистрибутиве

Нормальная конфигурация должна поддерживать работу с пустой базой, иначе она кривая.

Даже удивительна постановка вопроса: "Взлетит ли чистая база из cf?"
Должна! Иначе жалуйтесь разработчикам или смойте эту поделку в унитаз.

Практически всегда создавал из CF и по невежеству даже не задумывался можно или нет.

(11) УТ, КА и ERP потолще будут, но такого прикола у них нет, всё в одном дистрибутиве