Их хранилища значений получаю двоичные данные, которые выглядят типа так:
E0 00 00 01 00 78 CF 02 78 73 69 28 68 74 74 70 3A 2F 2F 77 77 77 2E 77 33 2E 6F 72 67 2F 32 30 30

Потом преобразую их Base64Строка(ДвоичныеДанные) в вид типа:
4AAAAQB4zwJ4c2koaHR0cDovL3d3dy53My5vcmcvMjAwMS9YTUxTY2hlbWEtaW5z

Как мне из этого прочитать данные в объект 1С, там по идее должен быть документ.
Может кто сталкивался, помогите пожалуйста.

(0) надо узнать сначала как эти данные в хранилище оказались

Что значит, "там должен быть документ" ?
- Гуид ссылки ?
- XML-сериализованный объект ?
- Какое-нить ЗначениеВСтрокуВнутр ?

Это принципиально, надо понять, что именно там находится.

Да там поди PDF документ.