в ут 11.4 запускаю предприятие с ключом /с ЗапуститьОбновлениеИнформационнойБазы и после обновления идентификатором открываю справочник "Наборы дополнительных реквизитов и сведений" в котором видно как задвоились элементы. Из-за чего такое может быть?

Вы меня извините, но наверное из-за
ключа /с ЗапуститьОбновлениеИнформационнойБазы

который вызывает программный код, приводящий к задвоению элементов

Вердикт: скорее всего так и должно быть!