Достал из коробки, воткнул в ПК, хочу чтобы работал как виртуальный ком порт. Пытался переключить, чтобы как VCOM как-то заработал, сканировал разные ШК, но он так и висит как  "Сканер штрихкодов POS HID". Но и это не всё, я пытался просто отсканировал любой штрихкод (ЕАН13), он издает противный гудок, явно сигнализирующий о том, что ШК не прочитан. Может его из коробки надо как-то с базой связать?

Драйвера и утилиту EZconfig поробуйте.
На fs.atol.ru должны быть

На базе снизу(скорее всего снизу), будет ШК для связи сканера и базы.
Настройки по умолчанию, проверить сканирование в блокнот. Если всё сканируется, добавить перевод каретки, затем переводите в режим COM.