Есть сотрудник у одной организации
Вася начальник - с видом занятости ОсновноеМестоРаботы
Вася кладовщик - с видом занятости ВнутреннееСовместительство

У Васи кладовщика реквизит ГоловнойСотрудник = в какой-то момент стал равен "Вася начальник". Хотя при изначальной перегрузке из ЗУП2 был равен "Вася кладовщик" (сам не перебивал).

После чего Вася кладовщик перестал отображаться в списке подбора сотрудников т.к есть фильтр ЭтоГоловнойСотрудник. Т.е Вася кладовщик перестал быть головным сотрудником.

Должен ли внутр. совместитель ссылаться на основного сотрудника в реквизите  ГоловнойСотрудник?

На ИТС по этому поводу ничего не написано

Различие только для функционала подработок. Если заводили доки назначения подработок, то вполне мог кладовщик уйти по головному с самого себя на начальника.

т.е для внутр совместителей должны ссылаться тоже сами на себя ?

Вася начальник - с видом занятости ОсновноеМестоРаботы. ГоловнойСотрудник = Вася начальник
Вася кладовщик - с видом занятости ВнутреннееСовместительство. ГоловнойСотрудник = Вася кладовщик

(2) да
Внутряк тоже может подрабатывать, тогда и для него как головного создастся новый элемент справочника сотрудников, подчинённый кладовщику.

Идея подработок такая: эти подработчики и на фиг не нужны в кадровом учёте, не нужны и в выборе сотрудников. Всё идёт по голове.