Есть СотрудникА и СотрудникБ. Надо, чтобы  во всех регистрах, документах заменить сотрудникаА на сотрудникаБ и наоборот.

Ни в БСП, ни в ИР не нашел такой обработки, чтобы ПОМЕНЯТЬ места. Есть только для замены.

Можно конечно самому написать обработку, которая будет работать через промежуточную переменную. Но вдруг есть готовое ?

Сначала поменяйте А на В, потом Б на А, потом В на Б.

Или просто поменяйте им ФИО в справочнике.

(0) Есть готовое. Поиск и удаление дублей.
Только между итерациями и в конце пометку удаления сними с объекта, который заменяется.

А может на скуле сменить поле и ключ? Или так не работает?

(2) 👍

(2) и делайте это сразу в рабочей базе, никаких копий !