есть типовая бухгалтерия, у нее довольно много (несколько десятков) расширений (патчей) EF_ххххх.

Какой алгоритм контроль за этим зоопарком? Как определить, что при обновлении патч нужно удалить?

кхм, а зачем?
При запуске 1С они сами удалятся и поставятся.

Плюсом запусти установку патчей после завершения обновления в режиме предприятия.

Обычно в режиме предприятия, обновление выдает ошибку и просит обновить патчи
нажимаешь кнопки и оно автоматом все удаляет и качает новые, конечно если подключен акк в конфе к итс

(0) в комплекте поставки обновления есть файл 1cv8upd.htm с инструкцией
https://dl04.1c.ru/content/AccountingBase/3_0_160_16/1cv8upd.htm

читаем п.3. В разделе "Администрирование" выбрать пункт "Обслуживание - Обновление программы - Установленные исправления (патчи)" и в открывшемся списке удалить все строки. Закрыть программу.

(0) Зачем? Вендор все сделал за вас, запускаешь после обновления в режиме предприятия и 1Ска сама удаляет ненужные. Вот что значит не знать типовое

(0) ..

(5) К примеру, для того, чтобы не получать ошибки во время обновления.

(7) Бывает достаточно редко и видно, на каком расширении падает обновление. Достаточно его удалить через конфигуратор.