После обновления обнаружилось в карточках элемента справочника Номенклатура доп. реквизиты стали неактивные и зачеркнутые. База ЕРП, как исправить?
снимок https://ibb.co/zSXyT21

(0) Слетела ссылка на набор свойств.
В настройках доп. реквизитов добавь эти реквизиты нужному типу объектов.
Не забудь там Еще -> Неиспользуемые дополнительные ркувизиты.

(1) уточните где?
https://ibb.co/NVmkrYs
https://ibb.co/XZ84629

(2) Вторая картинка, список реквизитов, правой кнопкой по списку и Добавить -> Из другого набора.
В списке увидишь, скорее всего, дубликаты существующих реквизитов.

(3) да так и есть отобразились,
https://ibb.co/hDqZbsd
https://ibb.co/h8qVz04
перезаписал, открыл карточку элемента все равно доп. реквизит остался зачеркнутым

(4) В списке реквизитов появились дубликаты?

(4) В карточке элемента присутствуют как зачеркнутые так и обычные доп. реквизиты?

через Функции для технического специалиста найди Планы видов характеристик - Дополнительные реквизиты и сведения - возможно эти реквизиты помечены на удаление

(5) нет (6) нет, присутствуют только зачеркнутые

(7) нет там все чисто, всмысле нет помеченных и нет дублей

Проверь, что в справочнике наборов заполнено имя предопределённого набора "Справочник_Номенклатура".
Если там пусто, то любой обработкой (хотя бы даже Групповое изменение реквизитов) пропиши.

А не проще заново обновиться, только настроить правильно замещение нужных объектов?

(11) >> настроить правильно замещение нужных объектов

Это о чём?...

(9) ТИИ делал?

(12) Не знаю. По логике какой-то объект или объекты надо взять из старой конфигурации при обновлении.

(14) >> объект или объекты надо взять из старой конфигурации при обновлении

Маловероятно.
Сами данные у автора на месте.
Есть наборы допреквизитов (элементы справочника НаборыДополнительныхРеквизитовИСведений).
Есть записи в табличной части ДополнительныеРеквизиты справочника Номенклатура (иначе он в карточке не видел ничего).
У автора только порушилась связь между Наборами (свойствами) и значениями реквизитов, записанных в ТЧ. Система не понимает, что именно эти элементы справочника Наборы и являются описанием тех самых допреквизитов.

(10)
сделал, результата не дало, для примера взял один доп. реквизит "АктивнаяНоменклатура", ниже снимки
https://ibb.co/Y3M9CN5
https://ibb.co/xMR1HZ0
(15) да, именно так.

(16) На картинке ты что-то другое сделал.
На картинке ты указал имя предопределенного набора "=Справочник.Номенклатура". А надо "Справочник_Номенклатура".