Выяснил следующее:
1. Штатно до предопределённых субконто в конфигураторе не достучаться
2. Обходной вариант: выгрузить предопределённые счета (через выгрузить список) в табличный документ и уже его разбирать и проверять наличие счетов и состав субконто (как вариант, выгрузить конфигурацию в файл и пожевать XML)
Оба варианта подсказали тут:
https://xn----1-bedvffifm4g.xn--p1ai/articles/%D0%BF%D1%80%D0%B5%D0%B4%D0%BE%D0%BF%D1%80%D0%B5%D0%B4%D0%B5%D0%BB%D0%B5%D0%BD%D0%BD%D1%8B%D0%B5-%D1%8D%D0%BB%D0%B5%D0%BC%D0%B5%D0%BD%D1%82%D1%8B-%D0%B2-1%D1%81-8-3/?ysclid=m2d9olmr2a318342649
3. Если удалить все счета из плана счетов, то при обновлении, оные уже не восстанавливаются