Сильно раздражает следующая ситуация:
Когда то в хранилище создали РС с допустим 3 измерениями, потом в процессе работы решили отказаться от одного, удалили, поместили в хранилище и вот после того как в хранилище количество измерений уменьшилось вылезает такой косяк.
Допустим мне для разработки понадобилась копия со свежими данными, я делаю бекап скл рабочей базы и разворачиваю его в свою копию, потом в своей копии в конфигураторе делаю Конфигурация - Хранилище конфигурации - Подключиться к хранилищу, после этого конфигуратор требует обновить конфигурацию бд и тут возникают непонятки, на все РС где когда то уменьшалось количество измерений вылезает ошибка "Имеются записи с одинаковыми измерениями".
Записей таких там точно нет, битых и пустых ссылок тоже нет.
ТИИ делал.
Помогает только очистка регистров (они вспомогательные и ни на что особо не влияют, но все же...)

по-хорошему, автор изменений в регистре должен написать обработчик перехода на версию с другим составом измерений, который нужно вызвать в копии после разворачивания бэкапа, но до обновления из хранилища
https://its.1c.ru/db/v8std/content/690/hdoc/_top/%D0%BE%D0%B1%D1%80%D0%B0%D0%B1%D0%BE%D1%82%D1%87%D0%B8%D0%BA%D0%B8%20%D0%BE%D0%B1%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%BB%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D1%8F

(1) там нечего обрабатывать, просто измерения оказались не нужны.

(2) это понятно, но кмк это костыль, историю хотелось бы видеть.

Тут не проблема хранилища, а то что по-видимому записи после удаления одного измерения получаются одинаковые по измерениям

(5) нет не получаются одинаковыми, ни запросом, ни ТИИ не находятся одинаковые.

(7)

1) В SQL-базе запрос тоже дублей не находит ?
2) Может в вашем РС включены "Разрешить итоги: Срез ..."
и дубли сидят в этих таблицах ?

Это мысли вслух.
Встречал такую ситуацию, но тогда это была "не моя проблема".
Не копал

еще может быть что в новой базе происходит усечение типа одного из оставшихся измерений(сравнить состав), удаляемые типы пытаются сжаться в неопределено и получается неуникальность.

(0) чисто логически: если очистка регистров помогает, значит дубли действительно образуются при удалении измерения

если бы это был глюк с хранилищем, то очистка регистров не должна помогать

ну и для контроля: попробуй удалить все строки регистра, кроме одной. Возникнет ли ошибка? Очевидно, для одной строки дубли возникнуть не могут

Чтобы не косячить с хранилищем, разработку веду в отдельной базе, а в хранилище кладу уже отработанные изменения.

Т.е. база подключенная к хранилищу это не для разработки, а лишь для актуализации изменений.

Если в хранилище создались кривые косяки, то лучше
пересоздать конфигурацию хранилища из рабочей базы.

(11) История потеряется

(0) Может у тебя изменился внутренний идентификатор у метаданных измерения (удалили измерение и добавили новое с таким же именем)? в хранилище одно значение, в базе другое и фактически он затирает больше данных, чем одно измерение.

(0) Вероятно это глюки оставшиеся в базе прода от метаданных через расширения
ТиИ сделать в проде, сначала убедиться что все расширения удалены

Либо доказать что это баг платформы 1С, если (14) не помогло

Выгрузить все записи РС, очистить его, применить изменения
И загрузив обратно сверить количество