Нужно добавить параметр "Клиент", в котором допускается указывать список значений.
Но и ещё чтобы в запросе была проверка на заполнение - если параметр не заполнен - этот отбор отключаем.

Когда было одно значение, я делал в запросе конструкцию

ВЫБОР
			КОГДА &Клиент= ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Клиенты.ПустаяСсылка)
				ТОГДА ИСТИНА
			ИНАЧЕ Клиент = &Клиент
		КОНЕЦ

А как быть если этот параметр теперь может быть в виде списка ?

ГДЕ (&ВсеКлиенты ИЛИ Клиент В ИЕРАРХИИ(&СписокКлиентовИлиГрупп))

8.2 Условие на пустой список значений в запросе
Книга знаний: Хитрое написание текстов запросов с необязательными условиями

(1) спасибо, через доп. параметр ПоВсем - нормально

{Клиент В ИЕРАРХИИ(&СписокКлиентовИлиГрупп)} возможно так сработало бы и это в итоговом запросе было бы правильней. но такое сработает не если список пустой, а если не установлен параметр использование