Здравсвуйте, возможно я не совсем понимаю как работает XML/ XDTO. Но каким образом в по XML передаются ссылки.
Например у нас есть документ "Приходная накладная". В котором у нас хранятся ссылки на номенклатуру в табличной части и, например, Реквизиты : Ссылки на склад и на подразделение

Например, мне нужно отправить этот документ в другую базу 1С. Я сериализую данные. А когда другая база 1с принимает эти данные, то эти ссылки для неё ничего не значат.Потому что, например, номенклатура: стулья, находится в этой базы под другой ссылкой. Ссылки на склад не существует вообще.
Собственно вопрос в том, как поступать в таких ситуациях?

Ну сделайте что-нибудь. Организуйте поиск и сопоставление. Не будьте пельменем

открой КД2 и сделай правила выгрузки/загрузки

Пригласите архитектора.
Организуйте мастер-базу по номенклатуре, складам и подразделениям.
Заведите шину данных.

(0)
В таких случаях (обычно) читают букварь - ИТС
Типовые решения (сопоставление данных, поиск данных первичным ключам (Наименование, ИНН)) - там есть.

google: 1С книга конвертация данных

Можно сходить
https://курсы-по-1с.рф/1c-v8/dataconv-3/

ну или для старых проверенных временем баз
https://курсы-по-1с.рф/data-conv/

(5) Не надо употреблять термин "старый" для актуальных баз в продакшене.

(6) Исправился

(7) 👍