УТ 11.5. По поставщику по накладной поступления был сделан взаимозачет. После этого списание безналичных средств - оплата, делает не уменьшение долга компании, а увеличивает долг поставщика перед компанией и накладная висит как неоплаченная. Почему возникает такая ситуация и как избавиться от этого?

(0) что за взаимозачет - скинь фотку

если расчеты по нулям в результате взаимозачета. То оплата поставщику = аванс (предоплата) поставщику. Поставщик вам должен (или товар, или вернуть деньги). Посмотри с точки зрения бухучета где должна лежать сумма - на 60.1 или 60.2...
.
вроде так.

(1) перенос аванса поставщику

(2) это ут, там нет счетов. я оплачиваю накладную, но в следующий раз при подборе она все равно выходит, ибо показывает долг нашей компании - долг по накладной, а то что оплатили показывает как долг поставщика. Я нашел инфу а форумах, что была такая проблема когда взаимозачет создавали на старой редакции, а потом  обновились, но как писали все спасало перепроведением документов. У меня перепроведение не помогает.

(4) да пофиг есть проводки или нет. Концепция аналогичная.
.
Проверяй по регистрам аналитики внимательно при возникновении обязательств сторон и при погашении обязательств сторон.

По аналитике все одинакова. взаимозачет - перенос аванса поставщику с одной накладной на другую. Так вот - с той. с которой перенесли потом проблема. что не закрывается. По ней якобы  висит долг. хотя оплата прошла и даже несколько раз.
Но оплата по регистру Взаиморасчеты с поставщиками делает движение и расход и в приход.

(6) "потом проблема. что не закрывается. По ней якобы  висит долг. хотя оплата прошла и даже несколько раз."
- ну так якобы или не якобы. делай разворот остатка по взаиморасчету по всем измерениям регистра и смотри. Вот у меня ну совсем нет уверенности что если развернуть по всем измерениям что все в ноль закрыто.