Создана реализация. К ней счёт-фактура. ПКО из него пробит чек. Сделана корректировка реализации в меньшую по сумме сторону. Разницу нужно вернуть и пробить чек. Правильно ли я думаю, что на основании ПКО нужно ввести РКО на разницу и пробить чек?

Счет-фактура и чек? Вы кому продаёте то? Физ. лицу или юр. лицу?

(1)Юрлицу можно платить через кассу за товар?

(1) Всегда есть вариант - контрагент юр.лицо, расчет наличными деньгами.

(2), (3) - Всё верно.
(0)Объектом расчетов у вас в данной ситуации что является?
Я так понимаю что корректировка реализации, вот на её основании и нужно сделать РКО, либо просто создать РКО и выбрать объект расчета - корректировка реализации.

Как-то так мне думается

(4)Договор. Введение РКО на основании корректировки не предусмотрено конфигурацией.

Блин, слона-то я и не заметил. В корректировке реализации можно пробивать чек. Только устроит ли он? На месте посмотрим.