Подскажите, пожалуйста, когда переношу контрагентов и договоры контрагентов, возникает такая ситуация, хотя в правилах и стоит и в ПКО, и ПВД порядок создания контрагентов выше договоров, все равно сначала создаётся заглушка в виде контрагента с заполненными реквизитами только из полей поиска контрагентов, а потом создаётся контрагент нормальный, но договор остаётся привязанный к мусорному контрагенту. Как это можно исправить?

с фига ли у вас два разных контрагента, может что-то с полями поиска. в любом случае такого быть не должно.

(0) Можно сперва Получить Ссылку, потом уже создать по ссылке Элемент.

GUID в 1С 8.3 - как с ними быть
https://infostart.ru/1c/articles/2039509/

Вам читать в № 2
2. Как получить ссылку, имея строку GUID, и зная, что это такое.

...
Рекомендую все же почитать про язык программирования, всего 4-ре книжки, входящие в комплект поставки конфигурации :)

(0) для КД без разницы будет, кто вперед, а кто потом. Все нормально привяжется. Думаю - проблема не в порядке.

(0) Подозреваю, что у вас для выгрузки контрагентов используется одно правило (ПКО), а для заполнения контрагента в договоре - другое.

Подозреваю, что у вас что-то кривовато
Но ситуацию почему так легко представить: Создается контрагент, в нем есть поле основной договор - создается договор, в нем поле Владелец (или Контрагент) - создается контрагент

в xml два объекта нпп-1 это контрагент, нпп-8 это договор, и у договора в полях владелец с полями описанными в полях поиска, по журналу, сначала создается контрагент, заглушка, с заполненными реквизитами из полей поиска, а затем нормальный контрагент. ПКО одинаковые для контрагента и владельца.

(6) значит криво написано в приемнике