Запрос упростил для понятности, на самом деле он гораздо больше.
Первый вариант:
ВЫБРАТЬ
   ПриходнаяТТН.Номер,
   ПриходнаяТТНТовары.Товар КАК Номенклатура
ИЗ
   Документ.ПриходнаяТТН.ТЧасть КАК ПриходнаяТТНТовары
       ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Документ.ПриходнаяТТН КАК ПриходнаяТТН
       ПО ПриходнаяТТНТовары.Ссылка = ПриходнаяТТН.Ссылка
ГДЕ
   ПриходнаяТТН.Дата МЕЖДУ &НачПериода И &КонПериода

Второй:
ВЫБРАТЬ
   ПриходнаяТТН.Номер,
   ПриходнаяТТНТовары.Товар КАК Номенклатура
ИЗ
   Документ.ПриходнаяТТН.ТЧасть КАК ПриходнаяТТНТовары
       ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Документ.ПриходнаяТТН КАК ПриходнаяТТН
       ПО ПриходнаяТТНТовары.Ссылка = ПриходнаяТТН.Ссылка
ГДЕ
   ПриходнаяТТН.Дата МЕЖДУ &НачПериода И &КонПериода
   И ПриходнаяТТНТовары.Ссылка.Дата МЕЖДУ &НачПериода И &КонПериода

Третий:
ВЫБРАТЬ
   ПриходнаяТТНТовары.Ссылка.Номер,
   ПриходнаяТТНТовары.Товар КАК Номенклатура
ИЗ
   Документ.ПриходнаяТТН.ТЧасть КАК ПриходнаяТТНТовары
ГДЕ
   ПриходнаяТТНТовары.Ссылка.Дата МЕЖДУ &НачПериода И &КонПериода

при обращении к таблице тч
1с все равно делает джоин с таблицей документа. но в будущем могут и исправить.

результат одинаковый, по этому выбирать надо тот запрос, которые читабельнее и понятнее. Конечно есть исключения - когда доказано, что нечитабельный вариант дает ощутимый прирост производительности

Ибо на первые два сервер создаст еще по 2 временные таблицы, на последнем - только 1