Как это часто бывает, бухгалтера любят чего-то добавлять задним числом.

В том числе выписывать таким образом счета-фактуры указывая дроби в номерах. Закрыть доступ к этому безобразию - проблемы нет (я бы ещё дополнительно выписал 20 ударов плетью за каждый документ).
Но тут тонкий момент: бухи бояться претензий со стороны налоговой.

С первого взгляда "нарушение нумерации СФ" - полная хрень и не повод в наказании организации. И есть судебные решения в пользу налогоплательщика (например: постановление от 07.10.2008 № КА-А40/8215-08 по делу № А40-77769/06-75-465).

И вообще. "Хронологичность" в части счетов-фактур нигде не определена. Ну, в смысле наличие некой дроби вовсе не означает, что документ "хоронологически" верен - это чистая философия и каждый додумывает как хочет (дроби, чёрточки, и прочая гадость).

В любом случае, такая ситуация - формальный повод докапаться налоговой... Чего бухи, естественно, очень не хотят. Руководство в курсе такой политики и поддерживает.

Что для себя решили и как боретесь с этим вы?

Собственно, главное чтобы справедливость восторжествовала. Больше склоняюсь к: