Как это часто бывает, бухгалтера любят чего-то добавлять задним числом.
В том числе выписывать таким образом счета-фактуры указывая дроби в номерах. Закрыть доступ к этому безобразию - проблемы нет (я бы ещё дополнительно выписал 20 ударов плетью за каждый документ).
Но тут тонкий момент: бухи бояться претензий со стороны налоговой.
С первого взгляда "нарушение нумерации СФ" - полная хрень и не повод в наказании организации. И есть судебные решения в пользу налогоплательщика (например: постановление от 07.10.2008 № КА-А40/8215-08 по делу № А40-77769/06-75-465).
И вообще. "Хронологичность" в части счетов-фактур нигде не определена. Ну, в смысле наличие некой дроби вовсе не означает, что документ "хоронологически" верен - это чистая философия и каждый додумывает как хочет (дроби, чёрточки, и прочая гадость).
В любом случае, такая ситуация - формальный повод докапаться налоговой... Чего бухи, естественно, очень не хотят. Руководство в курсе такой политики и поддерживает.
(4)+1 самый разумный способ - нумерация документов в пределах дня
Причем можно начинать нумерацию не с 2013, а с 13, или даже с 3 (последняя цифра года).
Свой вариант
Чтобы обнаруживать ошибки, программист должен иметь ум, которому доставляет удовольствие находить изъяны там, где, казалось, царят красота и совершенство. Фредерик Брукс-младший