Кто как из 1С баз выгоняет пользователей ?  

Разница между первым пунктом и вторым: в первом случае сообщение пользователь получает внутри 1С приложения, а во втором дублируется на чат, почту, смс, и т.д.

Так же интересно как в терминальных режимах работает.

Везде по разному.
Обычно оговариваются время и сроки, в которые нужно всем выйти. Потом происходит контроль и оповещение по скайпу и т.д.
И только потом идёт принудительное-аварийное завершение работы пользователей. Если база серверная и есть консоль администрирования, то через неё, если база файловая и есть терминал, то закрываются сеансы в терминале.
В типовых конфигурациях есть механизм завершения работы пользователей, но пользуюсь крайне редко.

Вообще тут важно не выкинуть пользователя, во время работы, например группового проведения документов или может большого документа или других операций. Поэтому перед грубым выкидыванием изучается Журнал регистрации и если видно, что человек давно уже ничего не делает(забыл 1С закрыть) то можно и отключить.

Консоль кластеров

Звоню/пишу сисадмину, чтобы он запланировал "выгон" пользователей из базы, далее с его стороны возможны варианты от вежливой просьбы "выйти из программы" до перезагрузки сервера.