Вариант 1
ВЫБРАТЬ
    ЗаказНаряд.Ссылка
ИЗ
    Документ.ЗаказНаряд КАК ЗаказНаряд
ГДЕ
    ЗаказНаряд.Основание ССЫЛКА Документ.ЗаказПокупателя
    И ЗаказНаряд.Основание = &Основание


Вариант 2
ВЫБРАТЬ
    ЗаказНаряд.Ссылка
ИЗ
    Документ.ЗаказНаряд КАК ЗаказНаряд
ГДЕ
    ЗаказНаряд.Основание = &Основание


Вариант 3
ВЫБРАТЬ
    ЗаказНаряд.Ссылка
ИЗ
    Документ.ЗаказНаряд КАК ЗаказНаряд
ГДЕ
    (ВЫРАЗИТЬ(ЗаказНаряд.Основание КАК Документ.ЗаказПокупателя)) = &Основание

ЗаказНаряд.Основание - Составной тип - все документы

(13) Вроде по каждой таблице будет индекс
В 1 и 2 вроде(!вроде) на уровня СУБД должно призойти соединение со всем таблицами и составного типа и будет искать, метод поиска будет зависить от того индексирован ли реквизит. Надо бы посомтреть план выполнения, чтобы понять точно что там 1С будет делать и как это оптимизирует СУБД