На выбор вам 3 места работы программистом на поддержку и доработку\разработку имеющегося\нового функционала. При прочих равных условиях в работе отличаются конфигурации, с которыми придется работать, и зарплаты:

-Типовые. Имеется в виду стандартные, самые популярные 1Сные решения: УХ, ЕРП, КА, УТ, БП итд. Зарплата рыночная.
-Отраслевые и различные узкоспециализированные конфигурации. Медицина, Фитнесы, ВУЗы, Общепиты и проч., все сюда. Кроме отраслевых есть пара типовых, но по ним работы практически нет. Зарплата выше рынка.
-Самописные конфигурации, нигде не используются, кроме данного конкретного предприятия. Зарплата значительно выше рынка.

Какие за и против того или иного выбора, какие аргументы?

Обычно востребованнее, чем типовые. Спецов найти труднее.

Кто сказал, что самая высокооплачиваемая работа по самописному уникальному варианту? На практике наоборот. Надо же просто не сломать что было написано до тебя, и никаких особых знаний там не надо.